Die Zusammenarbeit der ehemaligen Kontrahenten klappte zunächst besser als erwartet. Lediglich die Korruption explodierte, da die Ministerposten mit jeweils einem CPP und einem FUNCINPEC Mitglied besetzt wurden und dadurch zweimal die Hand aufgehalten wurde.
Ziemlich schnell zeigte sich, dass Ranariddh als Ministerpräsident nicht fähig war, die politischen Probleme zu lösen. Diese Schwäche konnte Hun Sen als Ministerpräsident gut nutzen. Er beschuldigte seine politischen Gegner sie würden Attentate auf ihn planen und schickte sie so ins Exil. Währenddessen gründete er im ganzen Land eine Hun Sen Schule nach der anderen. Sein Trumpf war, dass er sich der Loyalität des Militärs, der Polizei und der Justiz sicher sein konnte.
Währenddessen blieb die Rote Khmer im Untergrund aktiv. Immer wieder griffen sie an. 1993 zählten sie noch rund 10.000 Kämpfer. 1994 bildeten sie eine Gegenregierung in der Provinz Preah Vihear. Bis 1995 verschleppten sie Tausende Zivilisten in Konzentrationslagern im Dschungel an der Grenze zu Thailand. Auch Ausländer wurden entführt. Mit der Zeit kamen jedoch Auflösungserscheinungen. Ministerpräsident Hun Sen machte den Roten Khmer zwischen 1994 – 1998 Amnestie-Angebote, sodass viele darauf eingingen, die Waffen niederlegten und ein neues Leben begannen.
Mit der Spaltung der Roten Khmer am 8. August 1996 verschärfte sich die Auseinandersetzung der beiden Ministerpräsidenten. Ieng Sary war mit seinen Truppen zur Regierung nach Phnom Penh zurückgekehrt. Beide Parteien bemühten sich die Guerillakämpfer in ihre Partei zu integrieren um ihre politische Macht zu stärken.
Aber auch Sam Rainsy sorgte ordentlich für Turbulenzen in der Hauptstadt. Er war aus seiner FUNCINPEC Partei ausgeschlossen worden und präsentierte sich nun als Menschenrechtsadvokat und unterstützte den Arbeitskampf in der Textilindustrie. Die internationale Presse zeigte ihm daraufhin große Anerkennung. Für Hun Sen wurde somit zu einer gefährlichen Person. Am 13. März 1997 explodierte in Phnom Penh bei einer Kundgebung von Sam Rainsy eine Bombe. Sam Rainsy kam mit einem Schock davon, während 16 Menschen sterben mussten und über 100 verletzt wurden. Bis heute ist der Fall ungeklärt.
Die beiden Ministerpräsidenten hatten aufgrund gegenseitigen Misstrauen eigene Privatarmeen aufgebaut. Die jeweils 2000 Soldaten waren in Phnom Penh stationiert. Als sich Hun Sen durch Ranariddhs in die Enge getrieben fühlte, griff er im Juli 1997 seinen Gegner an. Es kam zu schweren Kämpfen in der Hauptstadt, die die Armee von Hun Sen für sich entscheiden konnte. Ranariddh floh aus Kambodscha. Die westlichen Geberländer reagierten auf dieses schreckliche Ereignis mit sofortigem Stopp ihrer Entwicklungs- und Finanzhilfen. Auch der Beitritt zur ASEAN rückte in weite Ferne. Da der internationale Druck so hoch war, ließ Hun Sen Ranariddh zu den Vorbereitungen der Wahlen wieder nach Kambodscha einreisen.
Nachdem 1997 Pol Pot aus seiner Führungsposition verdrängt wurde, hatte ihn ein Rotes-Khmer-Volkstribunal als Verräter zu lebenslanger Haft verurteilt. Am 15. April 1998 starb Pol Pot unter ungeklärten Umständen.